金山科研平台蛋白质活性中心预测网站汇总

蛋白-蛋白活性中心预测：

1. CASTp

网址：http://sts.bioe.uic.edu/castp/

网站因为部署在国外，打开缓慢，可预测蛋白活性位点。

2. ConSurf

网站：https://consurf.tau.ac.il/consurf_index.php

有没有蛋白结构都可以，有序列也行，可预测蛋白蛋白保守位点和活性位点。

3. InterProSurf

网址：https://curie.utmb.edu/usercomplex.html

预测蛋白-蛋白复合物之间的可及表面积，氨基酸等。

4. SPPIDER

网址：http://sppider.cchmc.org/

可预测单个蛋白的活性位点，或蛋白-蛋白表面，或基于蛋白序列预测反应位点

蛋白-小分子活性中心预测：

1. DeepSite

网址：https://playmolecule.com/

网站服务器因为部署在国外，打开缓慢

2. DoGSiteScorer

网址：https://proteins.plus/

是我常用的预测蛋白小分子活性中心的网站，将蛋白结构提交到这个网站后，点击Go，选择右边的DoGSiteScorer，再点击calculate，就可以得到7个软件预测的蛋白酶的结合口袋，下方红色download按钮可以下载预测口袋的信息打包文件，包括每个口袋区包含的氨基酸，pocket文件夹下的文件可以用chimera软件作图。

3. POCASA

网址：https://g6altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/