Nanopore全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行全长转录组测序，无需打断，可直接读取从5’端到3’端polyA尾的高质量单个RNA分子全长序列，准确辨别二代测序无法准确识别的可变剪接（AS）、可选择性多聚腺苷酸化（APA）、融合基因、lncRNA及其靶基因，且可同时对基因和转录本进行定量分析。ONT全长转录组已广泛应用于生长发育、环境适应、免疫互作、突变表型、肿瘤的发生、临床诊断和药物研发等领域。

数据质控

Nanopore测序通过对纳米孔的DNA/RNA单分子实时电信号进行检测及对应，即可计算获得相应碱基的类型，完成序列的实时测定。为确保Reads有足够高的质量，将下机原始测序数据（raw reads）过滤短片段和低质量的reads，得到clean reads，保证后续分析的准确性。

将reads按照长度从短到长排序，平均分成10份，每一份统计reads的平均质量值，平均质量值Q10以上，即为合格。

可变剪切鉴定

基因转录生成的前体mRNA（pre-mRNA），有多种剪接方式，选择不同的外显子，产生不同的成熟mRNA，从而翻译为不同的蛋白质，构成生物性状的多样性。这种转录后的mRNA加工过程称为可变剪接或选择性剪接（Alternative splicing）。可变剪接类型包括：(A) 外显子跳跃；(B) 可变转录终止位点；(C) 可变外显子；(D)可变转录起始位点；(E) 内含子保留。