LncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能 。1984年在小鼠中发现第一个真核lncRNA——H19，长度为2.3 kb，并在胚胎发育过程中高表达 。此后越来越多的研究表明，lncRNA在众多生命活动过程中发挥重要作用，lncRNA开始引起人们广泛关注。

相对于哺乳动物lncRNA而言，植物lncRNA研究相对落后，植物lncRNA研究也一直在追赶。植物lncRNA的研究可以揭示控制植物生长和分化的未知新机制，lncRNA在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等多种生物过程中起着调节因子的作用。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被鉴定出来，但具体的作用与功能仍然不是很清楚，因此lncRNA的研究领域依然是一片非常广阔的神秘区，具有极大的研究价值。