V3 Western 流程总共包含五步：

1. 蛋白电泳。利用Mini-PROTEAN® TGX Stain-Free预制胶或Criterion™ TGX Stain-Free预制胶，以及标准的Tris/甘氨酸缓冲液，快速分离蛋白质。TGX Stain-Free预制胶采用一种独特的配方，能够在15分钟内快速分离蛋白质。

2. 观察分离。通过免染技术，将凝胶放入ChemiDoc Touch或ChemiDoc™ MP成像系统中激活1分钟，即可观察蛋白分离。此技术的原理是将蛋白胶浸泡在三氯乙酸或氯仿中，然后通过紫外光照射。在三氯化合物存在时，紫外光驱使色氨酸发生反应，产物会发出可见区内的光，从而实现蛋白条带在胶上的定位。这样无需染色，也能对蛋白分离的情况了如指掌。

3. 蛋白转印。利用TransBlot Turbo转印系统和TGX Stain-Free预制胶，最快3分钟即可完成转印。TransBlot Turbo，又称为全能型蛋白转印系统，一次可转印4块mini胶或2块midi胶。它采用了一种新配方的转印缓冲液，并使用了一种特殊材质的滤纸。这种组合能够承受更大电流，使转印不仅更快，而且更完全。

4. 转印验证。同样，利用ChemiDoc Touch或ChemiDoc MP成像系统，能够对PVDF或NC膜上的蛋白进行观察，即时检查蛋白转印的效果，而不需要丽春红染色。如果转印有问题，那么后续就不需要浪费宝贵的一抗了。

5. Western blot验证。实验当然少不了参照。过去的Western blot实验通常以看家基因作为内参，来确定蛋白质的相对表达量。然而，研究也发现，这些蛋白在病变组织与正常组织间、不同的正常组织间以及同一组织的不同部位都呈现出差异表达。因此，如今人们倾向于选择总蛋白作为内参。利用ChemiDoc Touch或ChemiDoc™ MP成像系统以及Image Lab软件，研究人员能够以总蛋白来进行定量归一化，从而消除实验误差，得到更为可靠的结果。