伯乐Droplet dPCR俗称为微滴式数字PCR,即或者简称为ddPCR,即 Droplet DigitalPCR

2023-07-30

伯乐Droplet dPCR俗称为微滴式数字PCR,即或者简称为ddPCR,即 Droplet DigitalPCR


Bio-Rad dPCR技术方法

Droplet dPCR俗称为微滴式数字PCR,即或者简称为ddPCR,即 Droplet DigitalPCR。(Bio-RadTechnologies公司产品)

Bio-Rad于2011年10月正式上市了QX100微滴式数字PCR系统,至今在稀有突变序列(RareMutation and Sequence Detection)检测、病原微生物(Virus and Pathogen Detection)检测和拷贝数变异(CopyNumber Variation)遗传分析、转基因食品检测等方面有了诸多应用实例与文献,显示了“第三代PCR”技术广泛的应用范围与强大的生命力。

此后Bio-Rad于2013年8月14日在QX100微滴式数字PCR的基础上向全球正式推出第二代的微滴式数字PCR系统——QX200微滴式数字PCR系统(QX200Droplet Digital PCR System)。该系统除秉承QX100的特点之外,新加入对EvaGreen染料法的支持,使之可以更好地与定量PCR方法兼容,有效降低实验成本,ddPCR 可对 DNA或 RNA 分子采用绝对定量的方式进行分析,具有无可比拟的精确性,不再需要标准曲线。


目前而言liquid biopsy主要的形式还是血液,对于血液内存在的抑制剂,数字PCR的耐受性如何?美国FredHutchinson癌症研究中心发表的2篇文章很好地回答了上面的疑问,夯实了ddPCR用于ctDNA检测的方法学基础,这两篇文章的重要性在日后会逐渐显现出来。(Toleranceof Droplet-Digital PCR vs Real-Time Quantitative PCR to Inhibitory Substances(Clinical Chemistry 59:11 (2013)))。

这项实验系统比较了微滴式数字PCR和传统定量PCR对SDS、EDTA、Heparin(肝素,血液抗凝剂)等常见PCR抑制物的耐受程度。通过计算和比较两种平台的抑制曲线和zui大抑制浓度中值(IC50)表明,微滴式数字PCR对SDS、肝素的耐受度高于定量PCR(Absolute Quantification by droplet digital PCR versus Analogreal-time PCR (Nature Method, 2013))。

Bio-Rad为了更好地简化微滴式数字PCR的操作流程,实现walk-away的概念,在QX200微滴式数字PCR系统的基础上特推出对应的全自动型号(QX200Auto DG Droplet Digital PCR System),该全自动型号的面市大大简化微滴生成的步骤,在45分钟内即可全自动完成96个样品的微滴生成,通过大触摸屏进行程序设置与仪器控制;在微滴生成的过程中,消除不同操作者的人为操作误差,确保微滴发生的一致性,标配HEPA过滤网等,尤其可满足高通量实验室的要求。


QX200 Droplet Digital PCR 系统由两个仪器(QX200 微滴生成和 QX200 微滴分析仪)及其相关的消耗品构成。


QX200 液滴生成仪用于将 PCR 反应生成 20,000 个纳升大小的液滴。在使用热循环仪进行 PCR 后,QX200 微滴分析仪将逐个分析每个样品中的液滴。微滴被吸入后,管路将分解乳化的液滴,并使它们依次通过一个双色光学检测系统。每次运行zui多可处理 96 个样品。系统将计算阳性和阴性微滴的数量,从而以数字格式对靶 DNA 进行绝对定量分析。此外,对于经过 PCR 的液滴,还可以提取扩增的产品以用于下游环节,例如测序或克隆。


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